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柳葉刀:AI顛覆腫瘤組織病理分級(jí)體系!直接在HE全切片數(shù)字圖像上自動(dòng)判讀結(jié)直腸癌患者生存風(fēng)險(xiǎn)近日,國際四大醫(yī)學(xué)期刊之一的《柳葉刀》雜志刊登了挪威癌癥遺傳信息研究院(ICGI) 的題為:Deep Learning for Prediction of Colorectal Cancer Outcome: a Discovery and Validation Study的論文。 該研究公布了一個(gè)全新的腫瘤患者生存評(píng)估指標(biāo):DoMore-v1-CRC,可通過常規(guī)的HE病理切片,自動(dòng)判斷II期和III期結(jié)直腸癌患者的生存風(fēng)險(xiǎn)。 這是病理史上人工智能首次實(shí)現(xiàn)基于全切片數(shù)字圖像(Whole Slide Image,WSI)直接判讀腫瘤患者生存風(fēng)險(xiǎn)。 DoMore-v1-CRC與現(xiàn)有的腫瘤病理分級(jí)相比,有更好的分層效果。研究發(fā)現(xiàn),DoMore-v1-CRC 可以將接近9成(獨(dú)立驗(yàn)證集:88%)的患者明確劃分入“生存風(fēng)險(xiǎn)低”和“生存風(fēng)險(xiǎn)高”的組群,且兩組的生存風(fēng)險(xiǎn)差異比值(HR值)達(dá)到3.84(p<0.001)。 在傳統(tǒng)的病理分級(jí)中,高達(dá)75%的患者被劃入“中分化”,對(duì)這部分“中分化”患者DoMore-v1-CRC可以進(jìn)一步風(fēng)險(xiǎn)分層,HR值達(dá)到了5.04(p<0.001)。 該技術(shù)完全基于常規(guī)的HE染色切片,通過數(shù)字掃描儀獲取全切片數(shù)字圖像,無需復(fù)雜的樣本處理和人工標(biāo)注,全程無需病理醫(yī)生介入,實(shí)現(xiàn)全自動(dòng)判讀,有很高的臨床實(shí)用性。同時(shí)該研究的切片制備和染色分別在挪威和英國數(shù)百個(gè)不同醫(yī)院和實(shí)驗(yàn)室完成,以檢驗(yàn)應(yīng)用的廣泛和適應(yīng)性。 研究調(diào)用了不同地區(qū)的6個(gè)前瞻性臨床研究隊(duì)列的樣本,共4515名II期或III期結(jié)直腸癌患者的1200萬張HE染色圖像。其中訓(xùn)練集和調(diào)試集(2473例),測(cè)試集(970例)和獨(dú)立驗(yàn)證集(1122例)。整個(gè)研究設(shè)計(jì)嚴(yán)謹(jǐn),樣本規(guī)模大,隨訪質(zhì)量高(取自前瞻性藥物研究的隨訪記錄),并進(jìn)行了大規(guī)模獨(dú)立驗(yàn)證。 DoMore-v1-CRC AI模型,可直接在HE染色全切片圖像上判斷II期和III期結(jié)直腸癌患者生存風(fēng)險(xiǎn),HR值達(dá)到3.84(P<0.001) 深度學(xué)習(xí)在DoMore-v1-CRC研究中扮演了核心角色。第一步:經(jīng)過1077張圖像的88000次迭代訓(xùn)練后,首先實(shí)現(xiàn)腫瘤區(qū)域的自動(dòng)圈識(shí)。第二步:為有效處理每張100,000×100,000像素的腫瘤區(qū)域圖像,研究團(tuán)隊(duì)采用了多示例學(xué)習(xí)(Multi Instance Learning, MIL)。分別在10X和40X的掃描倍數(shù)下將訓(xùn)練集1652張WSI的腫瘤區(qū)域分解為互不重合的11,591,635個(gè)碎片。相同掃描倍數(shù),來自同一張WSI的腫瘤圖像碎片包隨機(jī)進(jìn)入5個(gè)學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)(DoMore v1 Netwok),直接以患者的生存狀況為標(biāo)簽,訓(xùn)練識(shí)別“顯著生存良好”和“顯著生存差”。再以同樣方法對(duì)調(diào)試集中的1645個(gè)“預(yù)后不明顯”樣本學(xué)習(xí)調(diào)整。最后每個(gè)學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)通過分類(Classification Network) 給予每張WSI一個(gè)相應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分(Ensemble score)。第三步:一張WSI在每個(gè)學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)中會(huì)得到略有不同的評(píng)分,將同一掃描倍數(shù)下的5個(gè)評(píng)分綜合得到最終的分值。這些分值在訓(xùn)練集中可用于計(jì)算腫瘤生存風(fēng)險(xiǎn)高和低的cut-off值, 并在測(cè)試和驗(yàn)證集里里進(jìn)行驗(yàn)證。 如果兩個(gè)掃描倍數(shù)下的分值都落在良好范圍,判斷患者生存風(fēng)險(xiǎn)低,如果兩個(gè)的結(jié)果不一致,則為不明確;如果都落在不好的范圍,則判斷為生存風(fēng)險(xiǎn)高。 DoMore1-v1-CRC可以將II,III期結(jié)直腸癌患者按生存風(fēng)險(xiǎn)劃分為三層,甚至五層 獨(dú)立驗(yàn)證集1110例患者的結(jié)果顯示DoMore-v1-CRC可以將II期和III期結(jié)直腸癌患者按生存風(fēng)險(xiǎn)劃分為三層,單因素分析達(dá)到了HR=3.84,(P<0.001)。 多因素分析達(dá)到HR=2.71(P<0.001),進(jìn)一步分析顯示,它還可以將患者劃分為5個(gè)風(fēng)險(xiǎn)層,其中最高風(fēng)險(xiǎn)層的HR=6.07(P<0.001)。 基于QUASARII 隊(duì)列1122例患者,顯示DoMore-v1-CRC中生存風(fēng)險(xiǎn)低和生存風(fēng)險(xiǎn)高的HR=3.04( p<0.001),是II,III期結(jié)直腸癌的獨(dú)立生存風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估因子。 DoMore-v1-CRC對(duì)病理中分化(histological grade 2)患者的生存風(fēng)險(xiǎn)可以進(jìn)一步分層,在測(cè)試集和驗(yàn)證集中的HR分別為3.32和5.04 (p<0.001) 對(duì)傳統(tǒng)病理分級(jí)為中分化的患者,驗(yàn)證集中,DoMore-v1-CRC將其中89.5%的患者明確區(qū)分為“生存風(fēng)險(xiǎn)低”或“生存風(fēng)險(xiǎn)高”,HR=5.04(P<0.001)。在臨床實(shí)踐中,將更多的患者,按生存風(fēng)險(xiǎn)的高低制定不同的治療和隨訪方案,最終達(dá)到延長(zhǎng)生存期,提高生活質(zhì)量的目的。 DoMore-V1-CRC有望替代現(xiàn)有的病理分化評(píng)級(jí)系統(tǒng),成為客觀,定量的腫瘤患者生存風(fēng)險(xiǎn)的分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)。研究團(tuán)隊(duì)已經(jīng)著手準(zhǔn)備一項(xiàng)大規(guī)模的,隨訪數(shù)年的II/III期結(jié)直腸癌前瞻性研究,驗(yàn)證不同風(fēng)險(xiǎn)分層患者在不同術(shù)后輔助化療方案下的療效和生存期變化。該項(xiàng)研究的中國協(xié)調(diào)方為梅傲科技。 DoMore-v1-CRC研究開創(chuàng)了直接基于WSI開發(fā)新型病理診斷指標(biāo)的成功案例, 為今后的AI研究提供了方向,研究團(tuán)隊(duì)計(jì)劃從結(jié)直腸癌擴(kuò)展到更多的癌種。這將顛覆現(xiàn)有的腫瘤診療和病理實(shí)踐。 未來只要將全切片數(shù)字圖像交給AI,對(duì)常規(guī)的病例,就能自動(dòng)得到準(zhǔn)確可靠的檢測(cè)結(jié)果,幫助臨床和病理醫(yī)生們從繁雜的日常工作中脫離出來,花更多的時(shí)間討論和研究疑難雜癥。 論文通訊作者Dr.Danielsen Havard,梅傲生物醫(yī)學(xué)顧問。目前擔(dān)任ICGI研究院主任,牛津大學(xué)和奧斯陸大學(xué)教授和全球CRC-Network主席。 論文鏈接: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673619329988 |